Sau năm 1975, Vĩnh Phong là một xã thuộc huyện Bảo Lạc.

Ngày 25 tháng 9 năm 2000, Chính phủ ban hành Nghị định số 52/2000/NĐ-CP[4] về việc điều chỉnh xã Vĩnh Phong thuộc huyện Bảo Lạc chuyển sang trực thuộc huyện Bảo Lâm mới thành lập.

Đến năm 2019, xã Vĩnh Phong được chia thành 15 xóm: Bản Phườn, Én Cổ, Én Nội, Én Ngoại, Nặm Luống, Nặm Tăn, Phia Nà, Phia Tráng, Phiêng Diềm, Phiêng Vai, Nà Hù, Thôm Soọc, Phiêng Phổi, Lũng Háng, Bản Chang.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, Hội đồng Nhân dân tỉnh Cao Bằng ban hành Nghị quyết số 27/NQ-HĐND[3] về việc:

• Giữ nguyên 6 xóm: Bản Chang, Én Cổ, Én Ngoại, Én Nội, Nặm Luống, Phiêng Vai
• Sáp nhập ba xóm Nà Hù, Phia Nà, Thôm Soọc thành xóm Nà Thôm
• Sáp nhập hai xóm Phia Tráng và Lũng Háng thành xóm Lũng Trang
• Sáp nhập hai xóm Phiêng Diềm và Bản Phườn thành xóm Bản Diềm
• Sáp nhập hai xóm Nặm Tăn và Phiêng Phổi thành xóm Phiêng Nặm.